기능-의약 단백질체 연구 실험실에서는 다차원 단백질 동정 기술과 질량분석기를 이용하여 "Shotgun Protemics" 방법으로 단백질체 분석 연구를 하고 있습니다. 주로 많이 이용 되고 있는 2D-PAGE/MALDI TOF MS 방법과 비교하여 shotgun proteomics approac는 감도가 더 좋고 분석시간이 더 빠른 방법이고 자동화된 방법입니다. 질량분석기에서 얻은 tandem mass spectrometric 데이터를 기초로 하여 단백질을 동정 할 수 있습니다. 이것은 기존의 방법보다 정확한 질량 값을 얻을 수 있어 신뢰성이 더 높습니다.

최근 연구는 프로테옴 분석에 있어서 단백질 동정 결과를 향상 시킬 수 있는 새로운 기술에 관한 연구를 진행 중입니다. 그 하나로 초고압 펌프를 이용한 초고압 다차원 단백질 동정기술과 monolithic column 제작 기술을 연구 중입니다 또한 Post-translational modification을 효율적으로 동정 할 수 있는 방법에 관한 연구와 단백질과 단백질 사이의 결합을 밝혀 network를 형성하는 것 대한 연구를 진행 중입니다. 이 연구의 하나로 Micro LC-MS/MS analysis system을 활용하여 RyR에 결합하는 단백질들을 동정하고 비교정량방법을 이용하여 단백질 상호작용 분석시스템을 개발함으로써 심장에서 일어나는 칼슘 대사 과정과 관련된 단백질들의 상호결합에 관하여 shotgun proteomics 접근 방법으로 연구 중에 있습니다.